Pusztaszer település az Alföld nagytájhoz, a Duna-Tisza közi síkvidék középtájhoz, a Dorozsma-Majsai-homokhát kistájhoz tartozik.
Domborzat és földtan
Pusztaszer felszín közeli rétegeit elsősorban a Tisza és a szél által itt lerakott homok és üledék rétegek és löszterületek, valamint a hajdani Pannon tenger üledékeiből képződött homokkő és agyag alkotják. Az üledékes kőzetekben a vízmozgások, a szél és a mállási folyamatok hatására sokféle felszíni és felszín alatti képződmény alakult ki.
A szél lösszel összekevert futóhomok-formákat alakított ki, ami az idők folyamán elsimult. A holocén mésziszapos, szikes laposok általában rossz lefolyásúak, időszakosan vízzel borítottak.
Talajtan
Talajadottságainkra is a sokféleség jellemző. A talajtípusok többsége a mezőgazdálkodás számára kiválóan hasznosítható, ezért a termőföld évszázadok óta a környék legjelentősebb természeti erőforrása. A terület nagyobb része mezőgazdaságilag művelt. A nem művelt, természetes vegetációval borított talajok a természetes növényvilág, s rajta keresztül az állatvilág életfeltételeit adják.
Pusztaszer település a Duna-Tisza közi hátság keleti lejtőjén helyezkedik el. Ez a körzet a megye nyugati része, főként a homokon kialakult talajtípusok jellemzőek a területre.
A kistáj mezőgazdasági potenciálja kicsi, a mezőgazdasági termelés a felszín közeli talajvíztükör ellenére a vízhiány miatt kockázatos.
Vízrajz
A Dorozsma-Majsai-homokhát kistájon a Tiszához ÉNY-DK-i irányban egymással párhuzamos csatornák vezetik le az időszakos belvizeket. Területünket 5-6 évente veszélyeztetik a belvizek szeszélyes előfordulásban. A pusztaszeri belvízvédelmi rendszer jelentősebb részben kiépített, az önkormányzat és az ATIVIZIG kezelésében vannak. Szomszédos területről csak Pálmonostora felől érkező kis mennyiségű befolyó víz terheli a rendszert. A továbbkormányzott belvizet a csatornák közvetlenül a Dong-érbe vezetik, nem terheli a szomszédos településeket.
A talajvíz 2 m-nél magasabban található, mennyisége nem számottevő.
Éghajlat
A Dél-Alföldi Régió területére a száraz kontinentális éghajlat a jellemző.
Az évi napfénytartam: 2080 – 2090 óra
Évi középhőmérséklet: 10,5 – 10,7 oC
A csapadék évi összege: 570-590 mm
Hóval borított napok száma: 30-32 nap
Az átlagos maximális hóvastagság: 22 cm
Szélirány: É, ÉNY, DK