Pusztaszer település a Dél-alföldi Régióban, Csongrád megye északnyugati részén helyezkedik el. A Kisteleki járás része, Kistelek várostól északra 10 km-re található.
Budapesttől való távolsága 136 km, Szegedtől 40 km. Szomszédos települések: Kistelek, Ópusztaszer, Pálmonostora és Tömörkény. Területe 48.93 km2 .
Közúton az M5-ös autópályán és az 5-ös főforgalmi út felől a 133. kilométer szelvénynél letérve, a 4518 sz. úton, Csongrád felől a 4518 sz. úton, Ópusztaszer felől kiváló minőségű önkormányzati úton közelíthető meg. A legközelebbi vasúti csatlakozás Kisteleken, M5 utópálya csomópontok Kisteleken és Kiskunfélegyházán találhatók.
Pusztaszer területén két, sportrepülők számára alkalmas magánrepülőtér áll rendelkezésre.
(É 46°32’43”, K 19°57’42”; É 46°34’34”, K 19°59’21”)
A falu központja az É 46° 33’ 01”; K 19° 59’ 10” földrajzi koordinátájú ponton található.
Tengerszint feletti magassága 85-90 m.